อุณหภูมิ ปะการังเติบโตได้ดีในอุณหภูมิระหว่าง 18-29 องศาเซลล์เซียส เราจึงพบแนวปะการังเฉพาะในเขตร้อน โดยมีขอบเขตระหว่างตอนใต้ของประเทศญี่ปุ่น (ซีกโลกด้านเหนือ) ถึงตอนใต้ของประเทศออสเตรเลีย (ซีกโลกด้านใต้)
ความเค็ม ในช่วง 30-36 ส่วนต่อพันส่วน เราไม่พบแนวปะการังอยู่ในเขตที่มีความเค็มต่ำ อาทิ ปากแม่น้ำ แต่บางครั้งอาจพบปะการังบางชนิด อาศัยอยู่ในพื้นที่ซึ่งมีความเค็มต่ำกว่าที่ระบุ เช่น เกาะพิง (ประจวบฯ) พบปะการังพุ่มเป็นจำนวนมากขึ้นอยู่ในพื้นที่ซึ่งมีความเค็มเพียง 26 ส่วนต่อพันส่วน แต่กรณีนั้นเกิดขึ้นเฉพาะที่และแนวปะการังมีความหลากหลายต่ำ ส่วนใหญ่ที่พบจะเป็นปะการังพุ่มและปะการังก้อน
แสง ปะการังมีสาหร่ายเซลล์เดียวอาศัยอยู่ในเนื้อเยื่อ สาหร่ายต้องการแสงเพื่อสังเคราะห์แสงให้พลังงานบางส่วนแก่ปะการัง บริเวณที่มีแสงน้อยเกินไป เนื่องจากอยู่ในเขตน้ำขุ่นหรือในที่ลึก จะไม่พบแนวปะการัง สำหรับประเทศไทย แนวปะการังลึกที่สุดอยู่ในระดับ 40 เมตร ได้แก่ เกาะโลซิน (นราธิวาส) และหมู่เกาะสิมิลัน (พังงา) แต่ส่วนใหญ่แล้วมีความลึกไม่เกิน 10 เมตรในอ่าวไทย และไม่เกิน 20 เมตรในทะเลอันดามัน
ธาตุอาหาร ปะการังต้องการธาตุอาหารในน้ำทะเลในระดับที่เหมาะสม อย่างไรก็ตาม หากมีธาตุอาหารมากเกินไป สภาพแวดล้อมอาจเปลี่ยนแปลง ทำให้เกิดการเพิ่มจำนวนของสิ่งมีชีวิตอื่น อาทิ สาหร่าย อาจส่งผลต่อเนื่อง ทำให้แนวปะการังแห่งนั้นเสื่อมสภาพ เช่น ปะการังในแหล่งท่องเที่ยวหลายแห่ง
ตะกอน นอกจากทำให้น้ำขุ่นแสงส่องผ่านไปในน้ำได้น้อยลง ตะกอนยังตกทับถมลงบนปะการัง ทำให้ขาดอาหารและขาดออกซิเจน ปะการังต้องเสียพลังงานในการกำจัดตะกอน จึงอ่อนแอ บางครั้งหากตะกอนมีปริมาณมาก อาจทำให้ปะการังตายได้ เช่น แนวปะการังที่อ่าวบางเทา (ภูเก็ต) เคยได้รับผลกระทบจากตะกอนเหมืองแร่ จนตายเกือบหมด
คลื่นและกระแสน้ำ ปะการังต้องการพื้นที่ซึ่งมีน้ำไหลเวียนดี เพื่อนำธาตุอาหารมาให้ แต่ถ้ามีคลื่นหรือกระแสน้ำรุนแรงเกินไป ปะการังส่วนใหญ่อยู่ในบริเวณนั้นไม่ได้ อาทิ คลื่นพัดปะการังจนแตกหัก กระแสน้ำทำให้ตะกอนฟุ้งกระจาย บางครั้งเมื่อเกิดพายุ ปะการังอาจแตกหักพังทลายได้ เช่น ปะการังที่เกาะอาดัง-ราวี (สตูล)โดนพายุพัด ปะการังที่เกาะเต่า (สุราษฎร์ฯ) โดนพายุไต้ฝุ่นเกย์
